Добрый день.
Подавать или не подавать - решайте сами. Обязанности такой у вас нет, потому что это ошибка в пользу бюджета.
Цитата: 1. При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации факта неотражения или неполноты отражения сведений, а такжеошибок,приводящих к занижениюсуммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщикобязанвнести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей.При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации недостоверных сведений, а такжеошибок,не приводящих к занижениюсуммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщиквправевнести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей. При этом уточненная налоговая декларация, представленная после истечения установленного срока подачи декларации, не считается представленной с нарушением срока.
Напомню, что по месту осуществления деятельности на ЕНВД с учета вас уже сняли, поэтому и декларацию за 2 квартал. и уточненную декларацию за 1 квартал нужно сдавать теперь по месту основной регистрации налогоплательщика, указывая в ней ОКТМО по месту фактического осуществления деятельности на ЕНВД.
Налог за 2 квартал перечисляйте также на реквизиты основной ИФНС. указав в платежном документе ОКТМО по месту фактического ведения деятельности.